Отделение трансплантации костного мозга Городской больницы Анкары предоставляет услуги в корпусе Oнкологической больницы, на 2-м этаже B блока и B1 этаже. В отделении проводится как аутологичная трансплантация костного мозга (с использованием стволовых клеток самих пациентов, так и аллогенная( стволовые клетки братьев и сестёр, неродственные, гаплоидентичные ). Стационарное отделение на 16 коек. В отделении проводят трансплантацию пациентам с лимфомами, острыми лейкозами, множественными миеломами, апластической анемией, недостаточностью костного мозга, гемоглобинопатией и т. д. Трансплантация костного мозга проводится в том числе и иностанным пациентам. Отделение открылoсь 2 года назад, несмотря на пандемию, за этот период было проведено 130 трансплантаций костного мозга.